康熙二十八年（1689）七月二十四日，中俄双方经过屡次协商，并在中国方面做出重要让步的情况下，中俄双方经过历时14天的谈判，正式签署了《尼布楚条约》。条约明确规定：中俄两国以外兴安岭至海、格尔必齐河和额尔古纳河为国界。这就从法律上肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大土地为中国领土。条约规定，从签订之日起，两国的一切边界争执永远给予废除，两国永远友好相处。条约文本为拉丁文，两国使臣交换了经过双方签名盖章的满文本、俄文本和拉丁文本。条约还以汉、俄、拉丁诸文刻在石上，置于两国边界，以作永久界碑。《尼布楚条约》是在双方平等基础上，并在中方做出重要让步的情况下签订的平等条约，为中俄两国关系正常化奠定了基础。

乌兰布通之战

康熙二十九年（1690），蒙古准噶尔部首领噶尔丹野心勃勃地入侵喀尔喀蒙古，并将矛头指向清政府。康熙帝决定亲征。七月二十九日，噶尔丹率领一股强劲骑兵2万人，长驱直入，屯兵距京师仅700里的乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗内），京师戒严。抚远大将军、裕亲王福全也在这一天率清兵到达此地，设营盘40座，连营60里，以火器为前列，遥攻噶尔丹中坚部分。八月二日晨，清军分左右两翼，设鹿角枪炮，徐徐前进。右翼内大臣佟国纲指挥军队，冲向敌军，进击山下。噶尔丹军队隔河拒挡清军。佟国纲一马当先，冲向敌阵，不幸中弹身亡。而这时，清军也已摧毁了噶尔丹军筑建的“驼城”，左翼内大臣佟国维率兵攻破噶尔丹营垒。噶尔丹见大势已去，便率领剩余部队逃走。十五日，济隆等人带噶尔丹的誓书晋见，表示不敢再犯喀尔喀。

重修孔庙

康熙三十二年（1693）十月六日，孔庙重修工程完成，康熙帝派皇子允祉、胤禛前往致祭。早在康熙二十三年（1684），康熙帝巡省东方，曾到曲阜祭祀孔子。他看到孔庙年久失修，榱桷渐圮，于是决定动用内帑，派专人前往主持修缮工作。重修工程从康熙三十年（1691）夏天开始，康熙三十一年（1692）秋天基本完成。重修后的孔庙平面是长方形，总面积约327亩，周环以高墙，配以角楼，前后九进院落，殿堂楼阁460余间，门坊54座，2 000多块碑碣。主体建筑大成殿，取“集古圣先贤之大成”意。殿高24.8米，阔45.78米，深24.89米，重檐九脊，斗拱交错，金碧辉煌。殿内供奉孔子及其弟子和儒家历代先贤塑像。为纪念这一重修工程，庙内还立有《御制重修阙里孔子庙碑》一座。

噶尔丹败亡

康熙二十九年（1690）和康熙三十五年（1696），康熙帝二次亲征噶尔丹后，噶尔丹已元气大伤，陷于绝境，但仍试图作垂死挣扎。为此，康熙三十六年（1697）二月，康熙帝又一次亲征噶尔丹，率军西渡黄河进至宁夏。康熙帝亲自部署军事，命马思哈、费扬古出贺兰山，萨布素往克鲁伦河，两路进兵。而此时，噶尔丹的倒行逆施和残酷搜刮，早已激起各族人民的愤慨。噶尔丹的部属也分崩离析，纷纷向清政府投诚，并积极担任向导，带领清军深入平叛。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦配合清政府的进攻，在阿尔泰山设伏，准备捉住噶尔丹献给朝廷立功。闰三月九日，康熙帝命孙思克和李林隆各率2 000精兵分路搜剿噶尔丹。十三日，噶尔丹在绝望中服毒自杀。四月七日，康熙帝班师回朝，途中作《凯旋言怀》诗，诗中写道：“六载不止息，三度勤征轮。边坼自此静，亭堠无烟尘。”这几句诗确是他对自己三次亲征噶尔丹的总结。噶尔丹叛乱平定后，清政府即遣送喀尔喀各部重返自己原来的牧场休养生息，蒙古高原恢复了宁静。

避暑山庄建成

康熙四十二年（1703），避暑山庄在承德开始兴建，至四十七年（1708），初步建成。初称热河行宫，五十年（1711），康熙帝亲笔题名为避暑山庄，也称承德离宫。康熙帝在避暑山庄处理朝政，举行大典，接见臣子、各少数民族领袖。避暑山庄成为清廷又一政治中心。它包括宫殿区和苑景区两大部分，总面积为564万平方米。宫殿区在整个山庄的南部，是皇帝处理政务和居住的地方，包括正宫、松鹤斋、万壑松风、东宫四组建筑。苑景区，又可分为湖区、平原区、山区三部分。康熙帝在其统治的中晚期兴建避暑山庄，是北方民族固有习俗的体现。因为秋冬避寒，春夏避暑，两地移住，是中国北方游牧、狩猎民族向来的生活习俗。满族是中国的北方民族，避暑山庄建成以后，康熙帝几乎每年中都有半年的时间住在这里，这正是满族习俗的体现。